Genomsnittligt släktskap

19 Okt

För att följa den långsiktiga genetiska utvecklingen av den skandinaviska vargstammen är den genomsnittliga släktskapen ett bättre mått än inavel.

Inavel kan ha flera olika meningar, vilket kan orsaka problem, även för en specialist. Inavel syftar oftast på en egenskap för en individ. Denna inavel kvantifieras med ett mått mellan 0 och 1 som kan tolkas som en sannolikhet. Inavelns värde blir samma som hur besläktade föräldrarna är, som i facksammanhang lämpligast betecknas coancestry (“samanor” på svenska, men det är inte särskilt vedertaget). Kinship används ofta, men är ibland dubbelt så stort, och sambandet med inavel blir då komplicerat. Att det är något som inte stämmer med individ-inavel för inavelns betydelse för vargstammens framtid inses t ex genom att både en invandrare och dess avkomma har inavel = 0, trots att ingen av invandrarens men hälften av avkommans gener är samma som i resten av vargstammen. Det är en inavel på populationsnivå som eftersträvas vid selektiv jakt. Populärt kan man sätta det som den inavel det skulle bli om alla vargar fick barn med varandra, men riktigt rätt är inte det heller. Jag har föreslagit att beteckna det gruppsläktskap (group coancestry). Genomsnittligt släktskap duger, men är lite långt. Vad uppdraget egentligen gäller skulle alltså kunna vara att utse de vargar eller revir vars avlägsnande ger maximal sänkning av gruppsläktskapet per eliminerad varg. Men även med denna definition hamnar man fel, vilket jag berör i nästa avsnitt.

Att använda det “föråldrade” begreppet coefficient of relatedness (som ju också översätts med släktskap) är fel och därför trodde jag att vargförädlingen hade kommit in på fel spår. Nu kanske varggenetiken är på rätt spår och bara uttryckt sig klumpigt men det vet jag faktiskt inte. I fortsättningen borde varggenetiken uttrycka sig på ett entydigare sätt! “Coefficient of kinship” och “coancestry” är samma sak och det olyckliga kan vara bara att värdena i figuren är dubbelt så höga som de borde vara för att vara analogt med inavelskoefficient. Men när det gäller “Mean kinship” är det tveksamt vad som egentligen menas och man måste precisera vad som menas på ett sätt som varggenetikerna (inklusive ”Stockholmgenetikerna”) inte lever upp till i de dokument jag hittills sett. Frågan är hur man behandlar indivens släktskap med sig själv (dvs inaveln). Man kan beräkna “mean kinship” för individer och definiera det som genomsnittet av en individs släktskap med alla andra individer, det kan kanske användas som ett urvalsinstrument och är förståeligt. Men om man beräknar medelvärdet av ”Mean kinship” för individernas “mean kinship” och kallar det också för “mean kinship” är det förvirrande och man ger sig ut på semantiskt hal is och använder “mean kinship” i en betydelse som inte alla som använder uttrycket gör. En del gör det i samma betydelse som group coancestry (se nedan), men djurgenetiker har ofta lite svårt att svälja självsläktskap.

Coancestry = coefficient of kinship för ett par av individer är sannolikheten att en allell från den ena individen härrör från samma gemensamma anfader som en allell från den andra individen. Coancestry för ett par individer blir inavelskoefficienten för deras gemensamma avkomma. Coancestryn för ett syskonpar är 0.25 och inaveln för deras avkomma blir 0.25. Coancestry kopplar elegant ihop inavel och släktskap. Coancestry är en sannolikhet och kan inte bli större än 1. För coancestry behöver man inte sätta coefficient of framför, men det behöver man för kinship. Dessutom kanske kinship är lite otydligt på om faktorn två skall vara med, den otydligheten finns inte för coancestry. Group coancestry är en motsvarighet till inavel på populationsnivå.

Group coancestry =  = gruppsläktskap = genomsnittligt släktskap är genomsnittet av alla individers släkskap med varandra inklusive med sig själva. Man kan ställa upp en coancestrymatris med individerna i rader och kolumner och deras coancestry i matriselementen. Group coancestry blir genomsnittet av värdena i matrisen. Group coancestry har en elegant och förmodligen entydig svensk översättning “gruppsläktskap”. Group coancestry övergår i inavel vid slumpmässig parning inom populationen (inklusive självbefruktning).

Gendiversitet är det mest basala måttet på genetisk diversitet. Det är sannolikheten att olika gener i en population inte är kopior av samma gen, dvs olika, “diversa”. Denna sannolikhet är (1 – group coancestry =1-Θ).  Group coancestry är ett mått på genetisk diversitet, jag brukar beteckna det med Θ. Group coancestry säger hur mycket diversitet som förlorats jämfört med ursprungspopulationen. Värdet på group coancestry säger hur stor del av den nordeuropeiska vargpopulationens gen-diversitet som gått förlorat sedan medlemmar från den vilda populationen invandrade till Skandinavien! Detta mått beaktar bl a: (1) det låga antalet invandrare till den skandinaviska vargpopulationen sedan den bildades; (2) deras varierande fertilitet; (3) deras olika bidrag till vargstammens genetiska uppsättning; och (4) den genetiska driften som orsakas av vargstammens låga numerär.

Jag har berört i mina synpunkter på förvaltningsplanen att man faktiskt inte vet vad inavel F=0.1 innebär, det finns ingen definition av detta mål, och definitionen spelar stor roll för den behövliga omfattningen av valpflytt. Förvaltningsplanen skriver nu att Grimsö? skall jobba med denna definition, jag hoppas att få se den i nästa variant av förvaltningsplanen.

Kommentar oktober 2012. Jag har skrivit ungefär samma ska i en tidigare artikel, och det var då ett delvis erkännande till Grimsö för jag trodde de förstod ungefär som det stod i en rapport till en länk till regeringen men regeringen har tagit bort länken och jag har inte hittat något annat dokument jag kan ge ett erkännande till Grimsö för, men figuren syns ovan. De numeriska värdena borde dock vara hälften så stora.

Annonser

Kommentera

Fyll i dina uppgifter nedan eller klicka på en ikon för att logga in:

WordPress.com Logo

Du kommenterar med ditt WordPress.com-konto. Logga ut / Ändra )

Twitter-bild

Du kommenterar med ditt Twitter-konto. Logga ut / Ändra )

Facebook-foto

Du kommenterar med ditt Facebook-konto. Logga ut / Ändra )

Google+ photo

Du kommenterar med ditt Google+-konto. Logga ut / Ändra )

Ansluter till %s